ระบบกรองภายในตู้ปลานั้น มีหลากหลายประเภทมาก ๆ โดยหลัก ๆ จะมีอยู่ด้วยกัน 3 ประเภท ดังนี้ 1. ระบบกรองกายภาพ 2. ระบบกรองเคมี และ 3. ระบบกรองชีวภาพ